Olá! Vou separar as duas questões: o adiantamento em si e o tratamento das faltas.
Sobre o adiantamento quinzenal (vale): ele não é uma obrigação automática da CLT — costuma vir de política interna da empresa, do contrato ou da convenção coletiva (CCT). Então o primeiro passo é verificar o que a sua CCT e a política da empresa preveem. Mas há um conceito importante: o adiantamento é exatamente isso, um adiantamento do salário que será apurado no mês. Ele não é uma verba autônoma; é um valor que depois é descontado no fechamento da folha. Ou seja, ele pressupõe que haja salário a ser ganho no período para servir de base.
No caso que você descreveu, o colaborador está com faltas injustificadas e o líquido projetado ficou zerado. Se não há saldo de salário a apurar, não há base sobre a qual adiantar. Se a empresa pagar o vale assim mesmo, estará adiantando um valor sem salário para compensar depois — o que gera um saldo negativo/dívida do empregado com a empresa. Por isso, o procedimento mais seguro é pagar o adiantamento apenas de forma proporcional aos dias efetivamente trabalhados na quinzena; se ele não trabalhou dias suficientes para gerar base, não há adiantamento devido. Muitas empresas, inclusive, condicionam o vale a ter dias trabalhados no período.
Sobre as faltas: terminado o atestado (que, sendo de 14 dias, é pago integralmente pela empresa, pois só a partir do 15º dia entraria o INSS), as ausências seguintes sem novo atestado são faltas injustificadas. Elas podem ser descontadas, e atenção: cada falta injustificada na semana também faz perder o descanso semanal remunerado (DSR) correspondente — por isso o líquido some tão rápido.
Recomendo formalizar por escrito uma convocação/notificação ao colaborador, pedindo que retorne ao trabalho ou apresente novo atestado em prazo determinado, com registro de recebimento. Isso protege a empresa e organiza a situação. Se as ausências injustificadas se prolongarem (a referência usual é em torno de 30 dias somada à intenção de não retornar), pode-se discutir abandono de emprego — mas isso exige cautela, e a notificação prévia ajuda a caracterizar ou afastar. E mantenha o registro de ponto/faltas bem documentado, porque é ele que dá segurança ao desconto na folha.
Resumo: o adiantamento não é direito autônomo e pressupõe salário a apurar; sem saldo, não há base para adiantar (pagar geraria dívida). Em paralelo, trate as faltas pós-atestado como injustificadas, com desconto de falta + DSR, e formalize uma convocação por escrito.
